У 1803 році — за рік після створення Полтавської губернії — міністр внутрішніх справ Російської імперії Василь Кочубей в листі царю доводив необхідність відкриття в Лубнах одного із трьох скотолікарських училищ. Цар погодився, але із невідомих причин училища відкрили лише в СанктПетербурзі та Москві. На території Полтавщини періодично створювали навчальні заклади для підготовки лише ветеринарних фельдшерів. Так, у 1889 році була відкрита ветеринарно-фельдшерська школа при Дібрівському кінному заводі Миргородського повіту. Відкрив і фінансував її до жовтня 1917-го року власник заводу — Великий князь Дмитро Костянтинович, родич царя.
     У 1922–1924 роках у Полтаві працювали ветеринарно-фельдшерські курси, якими завідував В. Д. Безпечніков. У звітах ці курси згадували як ветеринарний технікум, який функціонував на вулиці Сковороди, тобто на території теперішнього Полтавського державного аграрного університету. 
     Упродовж 1939–1941 та 1943–1978 років ветеринарних фельдшерів і ветеринарних санітарів навчали в Писарівщанському ветеринарно-зоотехнічному технікумі Диканьського району. Із 1967 року і до сьогодні ветеринарних фельдшерів готують у Хомутецькому ветеринарно-зоотехнічному технікумі (тепер — ветеринарно-технологічний коледж). Свого часу мріяли і боролися за відкриття у Полтаві наукового і навчального ветеринарного інституту доктор ветеринарних наук Т. В. Пашов та доктор ветеринарних наук, професор К. П. Чепуров. Однак, досягти своєї мети їм не вдалося. Проблему відкриття в Полтаві факультету ветеринарної медицини (ФВМ) почали активно вирішувати лише з 1991 року, зокрема узгоджувальну і документальну частини.
    Факультет почав працювати із 1 вересня 1992 року. Але цьому передувала напружена робота ректора Полтавського державного сільськогосподарського інституту, професора О. М. Куценка, першого проректора, доцента В. М. Нагаєвича, декана зооінженерного факультету (ЗІФ), доцента В. С. Тендітника, завідувача кафедри мікробіології і ветеринарії, професора А. Ф. Каришевої і голови Асоціації спеціалістів ветеринарної медицини Полтавської області, доктора ветеринарних наук В. П. Бердника. Підтримували проект начальник ветеринарного відділу Полтавського облсільгоспуправління В. П. Ковпак та його головний ветеринарний лікар В. Г. Педора. Сприяння й допомогу в організації ФВМ надали начальник Головного управління ветеринарії Міністерства сільського господарства України, кандидат ветеринарних наук П. П. Достоєвський і головний спеціаліст агропромислового комплексу Кабінету Міністрів України, доктор ветеринарних наук В. І. Хоменко. Як найбільш відповідальні керівники у сфері вітчизняної ветеринарії, вони забезпечили «зелене світло» для проекту полтавців. Тому є підстави вважати і їх організаторами ФВМ. Потім настав найважчий етап становлення факультету — його будівництво. Більшість кафедр доводилося організовувати майже із нуля. Павло Достоєвський продовжував підтримувати новостворений підрозділ, під час перших трьох випусків спеціалістів він був головою державної екзаменаційної комісії. Надалі його змінив начальник ветеринарного відділу Полтавського облвиконкому С. В. Аранчій. За факультет ветеринарної медицини і кафедру анатомії та фізіології тварин, в якій він працював за сумісництвом на посаді доцента, Сергій Васильович піклувався так, як і за службу ветеринарної медицини Полтавщини та, без перебільшення, України. Він підтримував факультет і організаційно, і матеріально, зокрема забезпечив фінансування для придбання підручників, приладів і обладнання, телевізорів та комп’ютерів, а також для виплати стипендій студентам-відмінникам, премій тощо. Вагомий внесок у становлення й розвиток ФВМ зробили доктор сільськогосподарських наук, професор В. М. Писаренко, доктор ветеринарних наук, професор П. П. Герцен, доктори біологічних наук, професори Ю. Г. Курило і О. Ф. Манжос, кандидати ветеринарних наук, доценти П. І. Локес і П. П. Шатохін та інші.
    Факультет ветеринарної медицини був організований на базі зооінженерного факультету. До 15 серпня 2000 року тут готували лікарів ветеринарної медицини та зооінженерів, а сьогодні — лише лікарів ветеринарної медицини.
    Першим деканом новоствореного підрозділу став к. с.-г. н., доцент В. С. Тендітник, а його наступниками — кандидати ветеринарних наук, доценти П. П. Шатохін (1999–2004), І. І. Панікар (2004–2011) і С. Б. Передера (2011–2017), доктор ветеринарних наук, професор С. М. Кулинич (з 2017 року).
    У складі факультету зараз функціонує п’ять кафедр: нормальної і патологічної анатомії та фізіології тварин, інфекційної патології, гігієни, санітарії та біобезпеки, хірургії та акушерства, терапії, паразитології та ветеринарносанітарної експертизи. Протягом 2003–2010 років тут також працювала кафедра біотехнології, на базі якої в 2010-му було організовано кафедру патологічної анатомії та патофізіології. Їх очолювали кандидат ветеринарних наук, доцент І. І. Панікар, а з 2010 року — доктор ветеринарних наук, професор М. В. Скрипка. Навчальний процес на кафедрі забезпечували кандидати ветеринарних наук, доценти П. П. Шатохін, М. В. Скрипка, А. А. Замазій і В. В. Сорокова; кандидат медичних наук, в. о. доцента І. І. Сидоренко; кандидати біологічних наук, доценти В. І. Азаров, І. Г. Панасенко, Н. М. Опара; старший лаборант Н. І. Дударь, лікар-ординатор М. О. Петренко, лікар-гістолог А. О. Заріцька, а також сумісники: доктор біологічних наук, професор О. Ф. Манжос; доктори ветеринарних наук, професори Г. І. Коцюмбас, Б. В. Борисевич та С. А. Ничик.

Перший декан факультету ветеринарної медицини
професор Тендітник  Володимир Сергійович

З 1999 по 2004 рік – кандидат ветеринарних наук,
доцент Шатохін Павло Прохорович

З грудня 2004 року факультет очолював кандидат ветеринарних наук,
доцент Панікар Ігор Ігорович

З 1 вересня 2011 року факультет очолював кандидат ветеринарних наук,
доцент Передера Сергій Борисович

З 17 лютого 2017 року факультет очолює доктор ветеринарних наук,
професор Кулинич Сергій Миколайович